групи координації секвенування генів

Коли кілька дослідницьких груп по всьому світу оголосили про свої плани на осінь 1996 для повнорозмірної кДНК (Gene) секвенування, слідчі вважають, що вельми корисною інфраструктури, що надається з 1994 року міжнародною комплексної Молекулярний аналіз експресії генома (зображення) консорціуму [6 HGN (6), 3] повинен бути продовжений на виклики повне секвенування ДНК. Семінар для подальшого I.M.A.G.E. учасників був проведений у травні 1997 року в Gaithersburg, штат Меріленд. Зустріч була організована під головуванням Грега Леннона [потім у Ліверморської національної лабораторії (LLNL), і тепер на генному Logic Інк] з Марвіном Стодольський координаційний зустрічі спонсора, офіс МЕ біологічних і екологічних досліджень. Вчені взяли участь з Франції, Німеччини, Італії, Японії, Швеції, Великобританії та Сполучених Штатів.

Деякі учасники семінару є членами підгрупи Євро-істукан, включати в себе формування цілей і послідовності основного набору унікальних повнорозмірної кДНК клонів (на основі ресурсів консорціуму IMAGE), що представляє 3000 транскриптів і 6 Мб готової послідовності. Інші Євро-IMAGE цілі для отримання високої роздільної здатності та порівняльні функціональне картування в людських організмах і модель 1000 майстер-набір генів і розробити зображення Консорціум бази даних для легкого доступу до інтегрованого поданням послідовності, карта, і дані, отримані вирази.

США фінансують установ, представлених на семінарі включені DOE, NIH, і нещодавно створена некомерційна Merck Genome Research Institute [HGN 8 (3-4), 9]. Вибрані моменти слідують технічного прогресу в повній послідовності кДНК, як повідомлялося на семінарі.

основні моменти технічного прогресу
Учасникам було розглянуто широке коло питань, включаючи статус проектів секвенування кДНК, майбутні цілі, даних і клон-релізі політики, критерії якості та оцінки, і миша та інші кДНК модель організму. Виступаючі прогнозується, що при належній підтримці з боку фінансують установ, що беруть участь лабораторій може генерувати до 15.000 повнометражні послідовності кДНК у наступному році. При середній кДНК довжиною 2 кб, це представляє близько 30 МБ загальної послідовності.

Дослідники вже давно визнали, що експресія одного гена може завершитися у виробництві декількох різних матричної РНК (мРНК) стенограми, в залежності як від генів і джерело тканини. На додаток до цього біологічної складності є технічні проблеми перетворення тендітні мРНК міцний кДНК. Стандартні методи передбачають використання поли дт в якості грунтовки на підлозі 3′-кінця очищеної мРНК з зворотної транскриптази ферментів вірусного походження полімеризації синтезу одноцепочечной ДНК додаток мРНК. Ці початкові транскриптів ДНК часто не поширюється на 5′-кінці мРНК довше. При використанні більш біохімія рутина, одноцепочечной ДНК перетвориться в дуплексної ДНК і в поєднанні з векторної ДНК, щоб підтримувати його розповсюдження та обслуговування як ДНК клону. Двухцепочечной ДНК проводиться набагато більш стабільним і менш сприйнятливі до деградаційних процесів, ніж їх одноцепочечной попередників мРНК. Однак, оскільки початковий зворотної транскрипції часто скорочується, бібліотек кДНК з рясним усіченого продукти загальний результат, особливо для більш мРНК джерела. Стратегія розроблена для полегшення цього усічення проблеми були описані Такао Isogai (Helix науково-дослідний інститут, Японія), Нобуо Nomura (Kazusa DNA Research Institute, Японія), Джон Quackenbush [Інституту геномних досліджень (ТИГР)] і М. Bento Соарес ( Університет штату Айова).

Протокол, який використовує незвичайну нуклеотидних “шапка” на 5 ‘кінці мРНК вимагає, щоб розширення першої ланцюга кДНК нам бути досить довгим, щоб захистити кришку на випадок непередбачених обставин для остаточного виробництва кДНК клону. Soares повідомлялося, однак, що приблизно одна третина кДНК транскриптів почати в мРНК, в порівнянні з переважним починається в 3 мРНК ‘кінця, тим самим викликаючи до3’ усічення. Ця проблема може бути істотно полегшено за розміром фракціонування мРНК, а потім вибрати з кДНК-продуктів з довжиною рівної розміру відсортованих шаблони мРНК. Ханс Lehrach (Max Planck Institut für Molekulare Genetik, Німеччина), пов’язаних значення масовим паралелізмом олігомерів дактилоскопію кДНК. Це економічний спосіб для скринінгу бібліотеки для нових і більш, потенційно повнорозмірних кДНК. Оптимальне кДНК кандидата, обраного командою Lehrach в Ресурсний Центр німецького проекту генома в даний час послідовність у лабораторії Аннемарі Poustka (Deutsches Krebsforschungszentrum).

Більше однієї послідовності читання зазвичай необхідно відобразити повну послідовність кДНК довше, ніж кілька сотень підстав. Стратегії економічного повнометражний секвенування були обговорені Леннона і Річард Гіббс (Бейлор медичний коледж). Послідовність читає за 1000 баз тепер виходять з удосконаленням систем секвенування командою Вільгельма Ansorge за адресою Європейської лабораторії молекулярної біології. Анзорге висловлено думку, що для кДНК коротше, ніж 2 т.п.н., хороше покриття може бути досягнуто шляхом двох перекриваються читає на комплементарних ниток.

Джузеппе Borsani (Телемарафон інституту генетики та медицини) повідомив про переваги легко маніпулювати Drosophila моделлю для вивчення розвитку і функціонування виявити роль представлений людини кДНК.

Всі Boguski (Національний центр біотехнологічної інформації) обговорили стан dbEST кДНК послідовності бази даних і винесені рекомендації для еволюції, необхідних для задоволення нових вимог майбутнього повного секвенування ДНК. Він зазначив, що кожна група буде мати свої власні критерії відбору і послідовності пріоритетів, таких як пошук генів раку, з генами дрозофіли гомологів, або гени, які вже були нанесені на карту.

Boguski придумав вислів «нарізки проблеми”, щоб описати труднощі в недопущення небажаного дублювання і надмірності через перекриття вибір категорій. Можливим рішенням було б створення реєстрація та супровід бази даних за зразком (EBI) успішних європейських біоінформатики Інституту RHAlloc-RHdb підхід, який використовується в побудові людського карту стенограми. Патриція Родрігес-Томе (EBI) прийняв цю відповідальність. Ці дані включають в себе слідчого або центром ім’я та контактну інформацію, ідентифікатори для фізичних клонів кДНК час послідовності і пов’язаних з ними номерів EST приєднання, і послідовність статус. При реєстрації учасників клона, який вони мали намір послідовності, база даних буде виявити і повідомити перекривається з клонів, відібраних іншими групами.

Учасники погодилися, що I.M.A.G.E. консорціум має збиратися раз на 6 місяців для підтримки необхідної координації та ефективності. Подальшому нараді, організованій Quackenbush, відбувся у вересні 1997 року у зв’язку з дев’ятою Міжнародної Геном Секвенування і аналіз конференції в Хілтон-Хед, Південна Кароліна. Вчені Вашингтонського університету організують наступному засіданні, яке попередньо заплановано погодитися з в травні 1998 року Семінар Геном людини в Лабораторії Колд Спрінг Харбор.